Az Ictalurid herpesvirus 2 (IcHV-2) genetikai analízise

Abstract

alízise Szakdolgozatomhoz kapcsolódó munkám során az Ictalurid herpesvirus 2 (IcHV-2) teljes genomjának szekvenálásában és elemzésében vettem részt. A kutatatás egy nagyobb projekt részét képezi, amelynek célja az említett vírus transzkriptóm-elemzése és génexpressziójának részletes megismerése. Ezen kutatásokhoz elengedhetetlen a genom pontos ismerete, amelynek felderítése vált a szakdolgozatom témájává. Az IcHV-2-t 1996-ban izolálták és 2003-ban írták le mint új vírus fajt. A vírust a Herpesvirales renden belül az Alloherpesviridae család Ictalurivirus genusába sorolják. A vírus nagyarányú morbiditást és mortalitást okoz csatornaharcsa (Ictalurus punctatus), valamint fekete törpeharcsa (Ameiurus melas) állományokban. Az IcHV-2 genomjának egy rövid szakaszát korábban publikálták, amely az Ictalurivirus genusba tartozó vírusokkal (IcHV-1 és AciHV-2) mutatott nagy hasonlóságot. Munkám során a vírust EPC sejtvonalon elszaporítottuk, majd a víruspartikulákat ultracentrifugálással koncentráltuk, majd kivontuk a vírus DNS-ét. A DNS-t egy szolgáltató céghez küldtük második generációs szekvenálásra, majd a kapott adatokat összeillesztve hozzájutottunk a vírus genomjának nukleotid-szekvenciájához. A genomot elemeztük és összehasonlítottuk a génbankban található adatokkal. A genom mérete és GC aránya az IcHV-1-éhez nagyon hasonlónak mutatkozott. A vírus genomjában 125 ORF-et tudtunk azonosítani, melyek közül 21 a genom mindkét végén megtalálható a terminális ismétlődő szakaszokban. 75 ORF mutatott egyértelmű homológiát az Ictalurivirus genus másik két tagjának (IcHV-1 és AciHV-2) génjeivel. Ezen ORF-ek irányultságukban, pozíciójukban és méretükben megegyeztek illetve hasonlítottak az előbb említett vírusokéival. Munkám gyakorlati jelentősége abban rejlik, hogy teljes genom ismerete lehetőséget ad diagnosztikai PCR-ek kifejlesztésére, illetve megteremtette az alapot a további kutatásokhoz, melyekkel a vírus génexpressziós mintázatát tervezzük megfejteni.