Pulyka-, liba- és más madár-adenovírusok genetikai vizsgálata

Abstract

Az adenovírusok (Adenoviridaecsalád) jelenlegi rendszertani beosztása szerint, madarakat fertőző adenovírusok tartoznak az Aviadenovirusgénusz mellett a Si-, és Atadenovirusgénuszba is. A madarakból izolált adenovírusok közül munkám kezdetekor négynek is ismert volt a teljes genomja,nevezetesen a pulyka-adenovírus 3, kacsa-adenovírus 1, tyúk-adenovírus 1és tyúk-adenovírus 9 genomja, de mindössze utóbbi két típus tartozik az Aviadenovirusnemzetségbe. (Legújabban publikálták a tyúk-adenovírus 8 (FAdV-8) teljes genomját is, de a tyúk-adenovírusokon kívül más baromfi-adenovírus teljes genomját is, de a tyúk-adenovírusokon kívül más baromfi-adenovírus teljes genomját nem elemezték még részletesen.) Előzetes elemzéseink szerint a vízibaromfifélék adenovírusai filogenetikailag elkülönülnek a tyúkalakúak adenovírusaitól. Munkám fő célja ezért egy pulykából és egy libából izolált, hazai adenovírus törzs teljes genomszekvenciájának meghatározása és elemzése volt. Vizsgáltam továbbá egyéb madarakból származó mintákat is adenovírusok jelenlétére. A pulyka-adenovírus 1 (angol nevéből TAdV-1) genomjának nukleotidsorrendjét a véletlenszerű klónozás, a liba-adenovírus 1 (szintén angol nevéből GoAdV-1) genomjának nukleotidsorrendjét a „sörétespuska” (shotgun) szekvenálás módszerével állapítottuk meg. Továbbá egy tyúk-adenovírus referencia törzsgyűjtemény eddig nem vizsgált tagjaiból, valamint egyéb madár-adenovírusmintákból részleges DNS-függő DNS-polimeráz és hexon gén szakaszokat erősítettünkfel PCR-rel, és ezek szekvenciáin alapuló összehasonlító filogenetikai elemzéseket végeztünk. Megállapítottuk, hogy a TAdV-1 genomja a leghosszabb közölt adenovírus genom (45.413 bp) a legmagasabb ismert G+C-tartalommal (67,55%). Az ITR-ek hossza 95 bp, ami az aviadenovírusok között a leghosszabb. A GoAdV-1 genomját 43.376 bp hosszúnak találtuk, 44,6%-os G+C-tartalommal és 39 bp méretű ITR-rel. Mindkét genom központi régiója megőrzött sorrendbentartalmazza azt a 16 gént, mely minden adenovírusban így található meg. Ezekhez illeszkedik még az U-exon és a fiber génje, a három ismert genomú tyúk-adenovírusban tapasztalhatóhoz hasonlóan. A TAdV-1 genomjában egy teljes és két csökevényes fiber gént találtunk, a GoAdV-1 genomjában pedig két teljeset. A filogenetikai elemzések és az összehasonlító genomanalízis bizonyította, hogy a TAdV-1 közeli rokona a FAdV-oknak: a TAdV-1 bal genomvégén megtaláltuk az ORF0,ORF1, ORF1A, ORF1B, ORF2, ORF12, ORF13, ORF14 és ORF24, míg a jobb végén a lipáz, ORF8, ORF9, ORF11, ORF17, ORF20, ORF20A, ORF22 és ORF26 homológját. Mindössze egy olyan ORF-et (ORF50) találtunk az egész genomban, melynek származtatott terméke nem mutatott homológiát a GenBankban található egyetlen fehérjével sem. Hasonló elemzések sokkal távolabbi kapcsolatot jeleztek a GoAdV-1 és a FAdV-ok között: a bal genomvégén az ORF1, ORF2, ORF12 és ORF24 homológját, valamint 2 új ORF-et (ORF51, ORF60) találtunk. A jobb végén az ORF20, ORF20A és ORF22 homológját találtuk meg, a lipáz gént duplikálódva, és 8 teljesen új ORF-et (ORF52-ORF59). Az évtizedekkel ezelőtt leírt TAdV-1 és GoAdV-1 eredeti izolátuma mára nem elérhetı, szekvencia pedig nem áll rendelkezésre belőlük. Ezért célszerűnek látszik, hogy a témában különösen aktív kutatókkal történő egyeztetés után az általunk szekvenált D90/2 pulyka-adenovírus és P29 liba-adenovírus törzs képviselje ezentúl a pulyka-adenovírus 1 és liba-adenovírus 1 típusokat. Elemzéseink szerint továbbá ezen TAdV-1 és GoAdV-1 törzsek távolsága más törzsektől megalapozza ezek fajszintű elkülönítését is. Ezért a Nemzetközi Vírusrendszertani Bizottság felé hivatalos javaslatot fogunk tenni, melyben javasoljuk a Turkey adenovirus B faj elfogadását a TAdV-1 típus részére, továbbá a GoAdV-1 típus besorolását a Goose adenovirusfajba. Meghatároztuk a virális DNS-függő DNS-polimeráz génrészleges nukleotidsorrendjét a tyúk-adenovírusok tíz olyan típusának referenciatörzséből, melyből ez eddig nem volt elérhető. Eredményeink szerint a madár-adenovírus minták PCR-es vizsgálata alapján hazánkban a leggyakoribb tyúk-adenovírusok a FAdV-D és -E, valamint ritkábban a FAdV-A fajokba sorolhatók. Először állapítottuk meg Magyarországon egy FAdV-B fajba sorolható törzs jelenlétét molekuláris módszerrel. A vadmadár mintákból at-, avi- és sziadenovírusok is kimutathatóak voltak.