Galamb-cirkovírusok szekvencia analízise
Absztrakt
Munkám célja a hazai galamb-cirkovírusok (PiCV-ok) genetikai változatosságának vizsgálata, ezáltal a vírus ellen való védekezés esetleges segítése volt. Vizsgálataimhoz olyan, lehetőség szerint különféle fajtájú galambok mintáit választottam, amelyeket előzetesen pozitívnak találtak PiCV-re a replikációhoz szükséges fehérje génjére (rep) irányuló nested PCR segítségével. A 13 kiválasztott mintát először a kapszid (cap) génre irányuló PCR-rel vizsgáltam. Három minta esetében volt sikeres a gén felerősítése és szekvenálása. Mindhárom minta elhullott madarak máj-kivonata volt. Közülük kettő eltérő korú, de azonos állományban tartott alföldi dudoros postagalambból, egy minta pedig strasszer fajtájú galambból származott. A PCR termékek tisztítása és a cap gén nukleotid (nt) szekvenciájának meghatározása után a genomok még hiányzó részének felerősítésére szolgáló inverz PCR-hez primereket terveztem. A kapott szekvenciákat egymáshoz és a génbankban már meglévő szekvenciákhoz hasonlítottam. A genom szekvencia összeállítása után elemezni tudtuk a magyar PiCV genomok jellemzőit beleértve a gének és intergénikus szakaszok hosszát és a cirkovírusokban megőrzött nonanukleotid (TAGTATTAC) szekvenciát tartalmazó szár-hurok struktúra azonosítását. A két alföldi dudoros postagalambból származó PiCV genom nt szekvenciája 100%-ban azonos volt. Ezekhez viszonyítva a strasszer galamb mintájában kimutatott vírus a rep gén esetében 1,15%-os, a cap gén esetében 20,8%-os eltérést mutatott. A génbankban elhelyezett, hozzájuk legközelebbi rokon teljes genomokkal 95-97%-os nt szekvencia azonosságot mutattak. Filogenetikai számításokat a teljes rep és cap gén nt szekvenciáiból készült pozícionális illesztéssel (alignments) külön-külön végeztem maximum likelihood módszerrel. A gének alapján készült törzsfa-rekonstrukciók topológiája jelentős eltérést mutatott, ami egyértelműen igazolta a feltételezést, hogy a két gén eltérő szelekciós nyomás alatt áll és független evolúciós utat követ. A kevésbé variábilis rep alapján kialakult csoportok nem feleltek meg a jóval változékonyabb cap szerinti megoszlásnak. A különböző kontinensekről és országokból származó PiCV szekvenciák nem mutattak földrajzi eredet szerinti csoportosulást. Munkám eredményeként az első hazai teljes PiCV genom szekvenciák váltak ismertté. Továbbá megerősítettük, hogy a magyarországi galambállományokban, nevezetesen a jászság területén a vírus prevalenciája magas.