Egy új típusú szarvasmarha-adenovírus részleges genetikai jellemzése

Abstract

Németországban, 1970-ben Kretzschmar izolált egy szerológiailag új szarvasmarha−adenovírust enzootiás tüdőgyulladásban szenvedő borjakból. Az új törzset (V87/70) gyenge replikációs képessége (csak primer borjú-here sejttenyészetben lehetett szaporítani) és a sejttenyészeten okozott jellegzetes magzárványok miatt a szarvasmarhaadenovírusok úgynevezett „második alcsoportjába” tartozónak vélték. Ezek a vírusok ma már az Atadenovirus nemzetség tagjai. A V87/70 vírustörzs genom-analízisét kezdtem meg annak vizsgálatára, hogy a molekuláris módszerek megerősítik-e az új típus elkülönülését, valamint hogy meghatározhassuk az új vírus taxonómiai helyét nemzetség szinten is. Polimeráz láncreakció (PCR) alkalmazásával, degenerált primerek segítségével felerősítettem egyes, jól megőrzött szekvenciájú szakaszokat a DNS polimeráz, a hexon, a IVa2 és a pentonbázis génjéből. A PCR termékek szekvenciája alapján tervezett, specifikus primerekkel további, hosszabb DNS szakaszokat tudtunk felerősíteni és szekvenálni. Az eddigi DNS szekvenciák alapján a genom G+C tartalma (53%) kiegyensúlyozottnak mondható, ami cáfolja e vírusnak a magas A+T tartalmú genommal rendelkező szarvasmarha-atadenovírusokhoz tartozását. A molekuláris vizsgálatok és az azt követő filogenetikai számítások egyértelműen bizonyítják, hogy a V87/70 mastadenovírus, és jelentősen különbözik a többi szarvasmarha-mastadenovírustól (BAdV-1, -2, -3, -9, -10). A filogenetikai távolság olyan mértékű, hogy indokoltnak látszik e vírus számára egy új BAdV faj létrehozása.

In Germany, in 1970, a serologically new type of bovine adenovirus was isolated by Kretzschmar from calves suffering from enzootic pneumonia. The new strain (V87/70) was presumed to belong to the so-called “second subgroup” of bovine adenoviruses due to its weak replication ability (it could only be propagated in a primary cell culture derived from calf testicle) and characteristic intranuclear inclusion bodies. Nowadays, these viruses are members of the new genus Atadenovirus. I started analyzing the genome of the virus strain V87/70 in order to examine whether molecular methods confirm the separation of the new type, as well as to determine its taxonomical status at the genus level. Several well conserved regions of the genes of the DNA polymerase, hexon, IVa2, and penton base were amplified by PCR using degenerate consensus primers. By means of specific primers designed on the basis of the PCR products, additional, longer DNA stretches were amplified and sequenced. Based on the DNA sequences acquired so far, the G+C content of the genome (53%) can be considered balanced, effectively disproving the affiliation of the virus with bovine atadenoviruses with genomes of high A+T content. The molecular examinations and the following phylogenetic calculations clearly show that V87/70 is a mastadenovirus and it significantly differs from the rest of the bovine mastadenoviruses (BAdV-1, -2, -3, -9, -10). On grounds of the extent of the phylogenetic distance, it looks reasonable to establish a new BAdV species for this virus.