A fertőző bronchitis molekuláris epidemiológiai vizsgálata
Absztrakt
A csirkék fertőző bronchitisét okozó Avian coronavirus (IBV) a Coronaviridae családon belül az Orthocoronavirinae alcsaládba, a Gammacoronavirus nemzetségbe és az Igacovirus alnemzetségbe tartozik.
PhD ösztöndíjas éveim alatt egy 102 törzsből álló Avian coronavirus gyűjteményt vizsgáltunk vírusgenomikai megközelítéssel. Munkánk során újgenerációs szekvenáló készülékeket használtunk és változatos bioinformatikai szoftvereket alkalmaztunk.
A jelenlegi IBV genotipizálás alapját képező S1 szekvenciák elemzése rendkívül hasznos az IBV genotípusok és leszármazási vonalak azonosítására. Azonban a teljes genomszekvenciák vizsgálata lehetőséget ad a genom teljes szerkezetének és működésének feltárására, valamint a vírus evolúciójáról is átfogóbb képet ad. Ezenkívül további információt nyújt a vírus terjedésének nyomonkövetéséhez, átfogó rekombinációs elemzések végzéséhez, valamint a patogenitással és a vakcinatervezéssel kapcsolatos genetikai markerek azonosításához. A molekuláris epidemiológiai felmérések egyre fontosabbá válnak annak meghatározásában, hogy a genetikai variáció hogyan befolyásolja a coronavírusok biológiai tulajdonságait.